Od 24 listopada 2007 r. Joanna Agacka-Indecka pełniła funkcję prezesa Naczelnej Rady Adwokackiej. W 2010 r. weszła w skład Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Karnego działającej przy Ministerstwie Sprawiedliwości.
Zginęła 10 kwietnia 2010 r. w wyniku katastrofy polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej.
19 kwietnia została pochowana na Starym Cmentarzu w Łodzi.
Jej imieniem nazwano plac przed Sądami Apelacyjnym i Okręgowym w Łodzi.
W godzinę katastrofy o 8.41 złożono kwiaty przed pomnikiem smoleńskim na placu Katedralnym.